នៅថៃ្ងទី ២២ ខែកញ្ញា ឆ្នាំ១៩៩៧ នាយកដ្ឋានកម្មសិទិ្ធបញ្ញានៃក្រសួងពាណិជ្ជកម្ម ត្រូវបានបង្កើតឡើង តាមអនុក្រឹត្យនៃ រាជរដ្ឋាភិបាលកម្ពុជាលេខ ៥៤។ នៅមុនការបង្កើតនាយកដ្ឋាននេះ នាយកដ្ឋានពាណិជ្ជកម្មក្រៅប្រទេស ទទួលតួនាទីចុះបញ្ជី និងការពារម៉ាក ។ នាយកដ្ឋានកម្មសិទិ្ធបញ្ញា មានភារកិច្ច និង​ទទួល​ខុសត្រូវ​លើ ‌៖
1. ការសិក្សា វិភាគ និងផ្តល់អនុសាសន៍អំពីគោលនេយាបាយកម្មសិទិ្ធបញ្ញាជូនដល់រដ្ឋមន្ត្រីក្រសួងពាណិជ្ជកម្មនិងរដ្ឋាភិបាលកម្ពុជា។
2. សម្របសម្រួល និងរៀបចំច្បាប់ ព្រមទាំងបទបញ្ញតិ្តកម្មសិទិ្ធបញ្ញា ។
3. សម្របសម្រួលកិច្ចសហប្រតិបត្តិការ និងជំនួយក្នុងវិស័យកម្មសិទិ្ធបញ្ញាជាមួយសហគមន៍អន្តរជាតិ ។
4. ត្រួតពិនិត្យមើលវិស័យទាំងបីនៃកម្មសិទិ្ធបញ្ញាក្នុងប្រទេសកម្ពុជា ធើ្វជាចំនុចប្រសព្វនៃកម្មសិទិ្ធបញ្ញា និងសម្របសម្រួលបញ្ហាកម្មសិទិ្ធបញ្ញាទាំងអស់ ជាមួយក្រសួងពាក់ព័ន្ធ ។
5. ជំរុញផ្សព្វផ្សាយតាមមធ្យោបាយនានាដើម្បីការពារកម្មសិទិ្ធបញ្ញាអោយបានត្រឹមត្រូវ និងមានប្រសិទិ្ធភាព ។
6. អនុវត្តរាល់កាតព្វកិច្ចទាំងអស់ ដែលមានចែងក្នុងកិច្ចព្រមព្រៀង និងអនុសញ្ញានានា ។

ចាប់តាំងពីឆ្នាំ១៩៩៤ ដល់ ឆ្នាំ១៩៩៨ នាយកដ្ឋានកម្មសិទ្ធិបញ្ញាបានទទួលចុះបញ្ជីម៉ាកចំនួន៧០៥៥ ដែលនៅក្នុងនោះម៉ាក ក្នុងស្រុកមានចំនួន ១៩៨ និង ម៉ាកបរទេស​មានចំនួន ៦៨៥៥។

ទោះបីវិស័យកម្មសិទិ្ធបញ្ញាជាបញ្ហាថ្មីស្រឡាងចំពោះព្រះរាជាណាចក្រកម្ពុជាយើងក៏ដោយ ប៉ុន្តែដោយបានទទួលការជួយឧបត្ថម្ភ ផ្នែក​បច្ចេកទេស​ពី​អង្គការ​​កម្មសិទិ្ធ​បញ្ញា​ពិភពលោក ក្នុងការបណ្តុះបណ្តាលធនធានមនុស្សទាំងនៅក្រៅប្រទេស និងក្នុងប្រទេស តាមរូបភាពហ្វឹកហ្វឺនរយៈពេលខ្លី និងសិក្ខាសាលាជាតិ ឬវេទិការ​អន្តរជាតិ​សី្តអំពីកម្មសិទិ្ធបញ្ញា និងការផ្តល់ជាបរិក្ខាបច្ចេកទេស នាយកដ្ឋានកម្មសិទិ្ធបញ្ញាអនុវត្តបាននូវតួនាទី​របស់ខ្លួន នុងការទទួលចុះបញ្ជី និង កិច្ចការពារ​ពាណិជ្ជ​សញ្ញា-​សេវាសញ្ញា​ក្នុងស្រុក និងបរទេស ។ ក្រោមការគ្រប់គ្រង និងដឹកនាំដោយ លោក លី ផាណ្ណា ចាប់ពីឆ្នាំ១៩៩៧ ដល់២០០៤ ដែលក្រោយមក លោកកាន់​ តំណែង​ជា​អគ្គនាយក​ក្រសួងពាណិជ្ជកម្ម និងជាតំណាង រដ្ឋមន្ត្រីពាណិជ្ជកម្មប្រចាំតំបន់សេដ្ឋកិច្ចពិសេសភ្នំពេញ នាយកដ្ឋានបាន ទទួលសមិទិ្ធផលល្អ គួរអោយកត់សម្គាល់ ដោយបានធ្វើអោយសាធារណៈជនស្គាល់ទាំងក្នុងស្រុក និងក្រៅស្រុក តាមរយៈការចុះបញ្ជី និងការការពារកម្មសិទិ្ធបញ្ញា និងតាមរយៈការយល់ដឹង​ជា​សាធារណៈ​ សកម្មភាពចុះអនុវត្តច្បាប់ ព្រមទាំងសហការជាមួយស្ថាប័នជាតិ និងអន្តរជាតិ ។ នាពេលនោះ នាយកដ្ឋានមានបុគ្គលិកសរុបប្រមាណ៤០រូប និងមាន​ការិយាល័យ​ចំណុះចំនួន២ គឺការិយាល័យចុះ បញ្ជីម៉ាក និងការិយាល័យផ្សព្វផ្សាយ និងពត៌មាន ។ ទោះបីជាយ៉ាងណាក៏ដោយ បើប្រៀបធៀបនឹងសម័យបច្ចុប្បន្ន នៅក្នុងកំឡុង​ ពេល​នោះ ការងារកម្មសិទិ្ធបញ្ញានៅមានទំហំតូច ដែលបានទទួលពាក្យស្នើសុំចុះបញ្ជីម៉ាកចំនួនពី១៥០០ ទៅ ២០០០ ម៉ាក (ភាគច្រើន លើសលុប គឺជាម៉ាក​របស់បរទេស) និងម៉ាកអាចចុះបញ្ជីបានចំនួនប្រហែល១៥០០ម៉ាក ក្នុង១ឆ្នាំៗ ។ ជាងនេះទៅទៀត ទាំងឧបករណ៍ ប្រើប្រាស់នៅក្នុងការិយាល័យ និងចំណេះដឹង​របស់​បុគ្គលិក​នៅមានកំរិតនៅឡើយ ដោយប្រើម៉ាស៊ីនអង្គុលីលេខដើម្បីវាយអត្ថបទ ឬឯកសាផេ្សងៗ ។